WWF-Paraguay incluye cuatro ecorregiones en su ámbito de trabajo, siendo la mayoría de ellas transfronterizas: el Chaco (compartido con Argentina y Bolivia), el Cerrado, el Pantanal (compartido con Brasil y Bolivia) y el Bosque Atlántico (compartido con Argentina y Brasil). Actualmente, WWF-Paraguay está ejecutando proyectos en todos ellos.